在叛乱伊始，形势对清政府不利，面对声势盛大的叛军，康熙临危不惧，运筹帷幄，做出果断的军事决策，进行镇压，同时采取政治攻势，历时八年终于平定了“三藩之乱”。这场胜利，对清政府巩固自己的统治有着非常积极的意义。

三藩之乱自康熙十二年（1673年）十一月二十一日吴三桂起兵叛乱。至康熙二十年（1681年）十月二十九日吴世璠***，清军进入昆明，历时八年。

康熙十二年（1673年）十一月至十五年四月。战乱不断扩大，各种不利的消息接踵而来。面对不利的形势，康熙甚至打算亲征，经议政内大臣密议谏止。此时的清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚都投降叛军，清政府不得不增兵。

康熙十五年（1676年）五月至十七年七月。以王辅臣败降为转机，形势向有利于清军发展。随后，耿精忠向朝廷请降，尚之信也随后投降。双方在军事上进入相持阶段。

康熙十七年（1679年）八月至二十年十月。康熙十七年（1679年），年已74岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死。

这使形势陡变，叛军群龙无首，人心涣散。其孙吴世璠虽然继承了帝位，但作为统帅，使叛军使上下一心，他的能力、魄力都不足。清军趁机发动进攻，形势对叛军越加不利，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。两年后，清军进逼云南，围攻省城昆明。吴世璠势穷***，余众出降，三藩之乱终告平定。

清政府在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。平定三藩叛乱战争的胜利，对清政府来说，避免了一次大分裂，中央集权得到了加强。

叛乱平定后，康熙并没有以诛杀叛乱同党的名义，大开杀戒，而是十分注意控制诛连的范围。例如，他对和吴三桂有来往的生意人并没有穷治，他说：“商民领吴逆资本者甚多，隐匿者亦或有之，若据告追究，恐无赖之徒，借此诈害富民，有累百姓。商人为四民之一，富民亦国家所庇，藏富于民，不在计此铢两，以后有首告者，应不准行。”避免了国家因此大范围动乱。

应该说，这是康熙帝的又一次胜利，平定三藩之乱，为整个国家的经济走向繁荣富庶都奠定了良好的基础，为康熙开启康乾盛世拉开了序幕。然而此时偌大的疆域，还有一些不协的声音，台湾仍然是反清的重镇，也成为康熙一统江山的心头之患。