到了魏晋南北朝时期，道教与佛教兴盛。迷恋炼丹的道士对香有着极大的兴致，他们不仅要求在炼丹时焚香以静心，还以香作为与上天神灵沟通的手段，这就是所谓“通感”。这一时期，合香开始大量兴起，葛洪、陶弘景都是制香名家。葛洪还提出可以使用“萧”，也就是先秦时期就广泛使用于祭祀的青蒿来治疗疟疾，这对世界医学的发展是一大贡献。而佛教本身就极为推崇用香，有香事的说法，在印度就大量使用香料用于坐禅修炼与礼佛。佛道此一时期得到统治阶层的喜爱之后快速发展，普遍地大量使用香料用于诵经礼佛。

另据魏晋时期的医学名著《名医别录·上品卷一·沉香》记载，沉香可以“疗风水毒肿，去恶气”，性“微温”。从笔者所了解到的资料看，这是中国古典文献中有关沉香的首次明确记载。

魏晋时期的社会风气还有两个特点，一是巨室豪门攀比斗富的风气令人瞠目结舌，奢靡之风盛行，以珍贵的域外香料炫富，已经到了穷奢极欲的地步。二是文人士大夫以淡泊宁静、修身养性为个人操守。这两个社会阶层都一个共同爱好，那就是香。

奢侈巨富的典型代表就是西晋的石崇，他显得过于奢靡。他不仅令丫鬟将沉香粉末撒在象牙床上，看谁走过去不留脚印，还将他家的厕所，都用沉香熏焚，弄得客人误以为进了内室。而笃信佛教的梁武帝，在公元505年下令用沉香祭天，用上和香祭地，并写下“卢家兰室桂为梁，中有郁金苏合香”的诗句。

魏晋时期的文人士大夫则偏好香的素雅和孤独高贵的气质，并写出“苏合氤氲，非烟若云”、“燎薰炉兮炳明烛，酌桂酒兮扬清曲”的诗句，表现了魏晋文人的清高脱俗与淡泊宁静。同时，范晔还写下了《和香方》，可惜如今只留下其《和香方序》。他在这篇文章中用有一定危害的麝香比喻同朝为官的庾憬之，用气味平和的沉香自喻。

此时，关于沉香的记载大量出现。据唐代段公路所著《北户录》记载：“唯交州《异物志》曰：密香，欲取先断其根，经年，外皮烂，中心及节坚黑者置水中则沉，是谓沉香。次有置水中不沉，与水面平者名栈香，其最小麄者，名曰椠香。佛经所谓沉水者也。又，《南越志》谓之香朩岀日南也。”由于东汉杨孚所著的《异物志》，对中国古代的地理游记、植物志考等影响巨大，题为《异物志》的书籍非常多。所以，这里所提到的“交州《异物志》”，是否是东汉杨孚所著的《异物志》不得而知。但可以肯定的是，这段记载也从侧面证明沉香在魏晋时期已经大量使用了。唐代段公路在书中记载的这段话，区分了水沉、栈香和椠香，也就为后世的沉香细分化奠定了基准。《北户录》还记载了大量的奇珍异宝，其中包括了产自骠国（今缅甸）的艾纳，产自大秦的迷迭等香料，并且明确说沉香是经过腐败后所产生的能沉于水的树干部分，这可谓是相当准确的记载。